之前我们介绍过巴氏杀菌不会影响啤酒的老化，但巴杀工艺对啤酒本身风味的影响还是存在的。酿酒师通常会在巴氏杀菌之前计算巴氏的灭菌单位PU（60摄氏度持续一分钟的产品中发生的微生物死亡的数量），从而使巴杀达到很好的效果而不造成酒体的热损失。
经过巴氏杀菌前后对啤酒的感官评价进行评测后发现，受适当控制的巴氏杀菌影响的唯一风味变量是啤酒花浓度。这也是现代精酿啤酒中最重要的部分，因此巴氏杀菌也被很多精酿爱好者认为是“洪水猛兽”。
这是一个微妙的变化，可以通过调整配方来改善。同时，采用不同的巴氏杀菌技术，更好的设备及工艺操作，可以非常有效的减少啤酒味道上的流失。但这对于国内小型酒厂来说，成本会偏高。
真正影响啤酒风味的是过度巴氏灭菌，过度的高温环境对成熟的啤酒来说有“强制”氧化的效果，在这种情况下，氧气在啤酒中的负面影响将加速，导致啤酒产生不愉快的湿纸板的味道。即使是正常的巴氏杀菌温度而没有及时的冷却降温，加温时间过长，也会导致啤酒风味的不稳定。
因此巴氏杀菌的工艺是非常重要的，国外精酿发展比较成熟，生产技术和对质量的把控都比较严格，所以很难感觉到巴氏杀菌对啤酒产生的影响，而国内啤酒厂的品控工作相比来说还不是很完善，虽然可能使用的是相同的巴杀设备，但往往因为操作而导致的产品问题也是很严重的。