CIP系统的基本清洗程序一般按以下的要求进行：水冲洗-酸洗(或碱洗，或先碱后酸)-水冲洗-消毒液冲洗-(无菌水冲洗)。其操作过程及要求说明如下：
1.  第一次水冲洗又叫“前洗”，主要是将被清洗的设备、容器、管道中物料的残渣、粘滞的液体尽可能冲洗掉，使之不会进入洗涤剂罐。用于前洗的水一般都是排放掉的，为了节约用水，前洗水常常是使用后洗水的回收部分。而且前洗水罐一般都比较大，前洗过程大约需要10~15min，被清洗的设备越大，冲洗时间越长，如果使用的清洗设备越简单，例如使用洗球形式，冲洗时间也比较长。
2.  酸洗或碱洗，即在前洗的基础上用碱性洗涤剂或酸性洗涤剂对设备进行较为彻底的清洗。清除粘结的残余有机物，包括黏性较大的颗粒残留物如淀粉颗粒、酒花树脂、蛋白质，加热表面被烧结的糊状物、焦糖之类，还包括必须使用酸或碱才能溶解的其他固体物质。这个冲洗时间比较长，大约需要20~40min，这是CIP清洗的主要清洗程序，真正的洗涤效果体现在这个过程中。

3.  第二次水洗，又叫“后洗”，是在酸洗或碱洗以后，将残留在容器、管道内的碱或酸冲洗掉，直至冲出的水呈现中性时为止。在“后洗”时，要注意几个问题，一是为了防止酸性洗涤剂或碱性洗涤剂被水稀释，必须将所有的酸或碱全部回收以后方可进行后洗。二是为了
4.  消毒液冲洗，为了保证在冷洗和酸洗情况下进一步满足设备、管道的无菌条件、往往在后洗结束后再用合适浓度的消毒剂水溶液再冲洗一次。这种消毒剂最好在冲洗后，其残留液不会对产品产生任何影响，对设备也没有强烈的腐蚀作用，如过氧乙酸、二氧化氯、过氧化氢等，这样就不必再用无菌水进行重复冲洗了。近代啤酒酿造为了保证产品质量和食品的安全性，强烈反对使用甲醛之类的杀菌剂对大罐、清酒罐和啤酒设备管道进行杀菌处理，因为甲醛残留会造成啤酒的口感和饮用安全性出现问题。
5.  无菌水冲洗，应该说用无菌水冲洗本身是一种极为不合理的做法，因为一是制备无菌水要求比较高，包括贮存容器和管道在内的设备都必须满足无菌条件。二是无菌水的无菌状态如不能满足要求，则冲洗效果适得其反。三是使用CIP的冲洗过程时间延长、冲洗水量增加。现代啤酒工业并不提倡使用无菌水冲洗的方式，但是，也不反对一些习惯的、确保消毒后的冲洗做法。比较合理的方法是对后洗水的洁净程度和可消毒效果的控制，例如，水中添加过氧化氢或使用经稀释的过氧乙酸溶液，能满足最后次冲洗的要求，这样就能省去消毒液和无菌水两次冲洗的程序，不仅可以节约用水，而且也减少了每次CIP洗涤的时间。

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